在有机蔬菜生产中，允许使用的肥料种类有：按有机农业生产标准要求，经高温发酵无害化处理后的农家肥，如堆肥、厩肥、沼肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等；生物菌肥，如腐殖酸类肥料、根瘤菌肥料、复合微生物肥料等；绿肥，如草木樨、紫云英、紫花苜蓿等;草木灰等；腐熟的蘑菇培养废料和蚯蚓培养基质；矿物质肥，包括钾矿粉、磷矿粉、氯化钙等物质。另外还包括通过了有机认证机构认证的有机专用肥和部分微生物肥料等。
有机养殖是指在畜禽养殖过程中遵循自然规律和生态学的原理，按照有机产品国家标准GB/T19630要求，饲喂有机饲料并使用常规兽药、抗生素、饲料添加剂等物质，关注动物福利健康，满足动物自然行为和生活条件的一种畜禽生产方式。
使用的饲料添加剂应在农业部发布的饲料添加剂品种目录中，具体要求有：允许使用氧化镁、绿砂等天然矿物和微量元素；添加的维生素应来自发芽的粮食、鱼肝油、酿酒用酵母或其他天然物质；使用以下产品：（a）化学合成的生长促进剂（包括用于促进生长的抗生素、激素和微量元素）；（b）化学合成的开胃剂；（c）防腐剂（作为加工助剂时例外）；（d）化学合成的色素；（e）非蛋白氮（如尿素）；（f）化学提纯的氨基酸；（g）转基因生物或其产品。
农业部发布的饲料添加剂目录是有动态变化的，农业部的这份目录包括的产品很多，但并不是目录中的所有产品都可以在有机养殖中使用的，如果某些物质与国家标准的有冲突，则不应使用这些物质。有机养殖场在使用饲料添加剂之前必须认真对照目录，同时对照国家标准的相关，只有两者都符合后才能使用。
国家标准可以使用天然的矿物、天然的微量元素和天然来源的维生素作为有机饲料添加剂，但不允许使用人工合成的上述物质。
有机畜禽饲养所允许使用的消毒剂有：软皂，水和蒸汽，石灰水，生石灰，次氯酸钠，氢氧化钠，氢氧化钾，过氧化氢，天然植物香精，柠檬酸，过乙酸，蚁酸，乳酸，草酸，乙酸，酒精。
在装卸、运输、待宰和屠宰期间应给畜禽提供适当的条件，例如：①避免畜禽通过视觉、听觉和嗅觉接触到正在屠宰或已死亡的动物；②保持现存的群体联系，避免混合不同群体或性别的畜禽；③提供缓解应激的休息时间；④确保运输方式和操作设备的质量和适合性；运输工具应适合所运输的畜禽；⑤运输途中应避免饥渴，如有需要，应给畜禽喂食、喂水；⑥考虑并尽量满足畜禽的个别需要；⑦提供合适的温度和相对湿度；⑧装载和卸载时对畜禽的应激应最小。