最初智库研究主要集中在学、社会学、公共政策与公共管理学领域，例如国外智库研究的著名学者埃布尔森、麦甘、斯通等人都是大学学、社会学、政策学等领域的教授；国内的朱旭峰、薛澜、任晓等人也是公共政策和国际关系领域的教授。随着经济社会的不断发展，进入21 世纪后国内外的智库研究呈现出“百家齐鸣”的状态，对智库相关文献进行研究主题演化分析可以看出，在教育学、情报学、管理学、经济学，甚至心理学、医学、科学、工程学等领域都有智库研究的相关（见图5 和图 6）。
目前，国内外对智库的研究正处于从定性分析到定量研究的转折过程中。传统的定性研究方法包括历史研究方法和比较研究方法。例如，史密斯较早地分析了作为“政策精英”的政策专家以及后来逐渐形成的智库专家在美国中形成与壮大的历史。考斯特立足于历史的视角分析了英国市场的经典派智库自1931 年至 1983 年的半个世纪中从形成、发展、成功到衰落的过程。麦甘在《智库与社会：思想与行动的催化剂》、斯通在《跨国智库比较研究》中较早进行了智库的比较研究。美国外交政策研究所的麦甘教授于1995年发表的著作《公共政策研究产业中经费、学者和影响力的竞争》开创了智库定量研究的先河。随后，定量研究方法逐步在智库研究中普及，斯通在《俘获意象：智库与政策过程》中首次在中观层面分析了智库在政策过程中的影响力。麦甘首次运用问卷调查方法考察了智库的发展情况。埃布尔森通过观点被主要的引用率和出席听证会的次数，定量分析了美国和智库的政策影响力。里奇首次将回归分析的定量研究方法应用于智库研究中。国内的陈升等人也利用统计学方法研究智库影响力机制，虽然智库的定量化研究逐步兴起，但仍未形成气候。
最新的智库研究方法是以多学科综合研究方法为主要特征的系统分析方法。由于决策及重大经济问题抉择一般都与经济增长、稳定、劳动就业、社会福利、大众文化等领域相关，所以单纯的基于某一单独学科的决策咨询研究已经无法满足决策者的基本需求，进而产生了应用多学科方法开展综合性、系统性研究的现实需要。其中，集成政策分析就是系统性智库研究方法的重要之一。
朱旭峰从宏观-体制、中观-模式、微观-行动3个维度提出了建设中国特色新型智库的理论框架。在宏观-体制维度，主要讨论中国智库发展与中国经济体制、政策决策体系和中国传统文化的关系；在中观-模式维度，进行例如智库建设的组织类型、地方差异、专家个体特质等多方面与政策参与模式的研究；在微观- 行动维度，加强对中国特色新型智库的组织定位研究，包括人才资源、经费资源、信息资源等内部治理的研究，以及中国智库政策分析方法和信息支持研究。从国内外文献可以看出，随着更多学者加入智库研究的队伍，智库研究也从最初的讨论智库的内涵与外延以及国外智库的引介，逐步转向对智库问题的深入研究，例如智库的情报机能研究、智库影响力的提升策略、智库运作机制研究、智库型人才的素质结构，但关于智库内部的人力资源和经费资源的研究仍未深入、相对欠缺。